Zápisky knížky Psáno do mraků začínají bilancí životních hodnot a smyslu umění, postupně se však do nich výrazně promítají reakce na politickou situaci, která na konci třicátých let neodvratně směřovala k válečné katastrofě. Čapek nesl ohrožení Československé republiky velmi těžce a osobně, vnímal ho jako kolaps ideálů humanity, na nichž byla veškerá jeho tvorba postavena: „Dnes není radostno býti člověkem. A ještě těžší je to pro příslušníka malého národa, který je násilněn, který je prodáván,“ zapisuje si po Mnichovské dohodě. „Slunce by mělo nesvítit, příroda by se měla nezelenat, ptáci nezpívat, když lidstvo je v chybách; veškerý svět by měl sténati, hlasitě bědovati ve svých kostech,“ píše na jaře 1939 po vyhlášení protektorátu.

Už v roce 1933, když byl Hitler jmenován říšským kancléřem, maluje Čapek obraz Mrak, krajinu s nebem symbolicky zakrytým hlubokou černí. Tento mimořádně silný obraz s dramatickým lineárním rukopisem parafrázuje Munchův Výkřik jako srozumitelný symbol existenciální úzkosti. V napjaté atmosféře pomnichovského období pak Čapek vytvořil dva monumentální malířské cykly, nazvané později Oheň a Touha, v nichž se pokusil posílit apelativní účinek obrazu bezprostřední aktualizací tradičního principu alegorie. Jeho osobitý a riskantní malířský koncept dodnes zůstává nepochopený. V padesátých letech, když se Čapkovo jméno po mezidobí stalinského dogmatismu opatrně vracelo do kulturního povědomí, byly poslední Čapkovy cykly zprofanovány jako příklad umění bojujícího proti fašismu a staly se modelem pro budovatelské agitky.

Obrazy cyklů Oheň a Touha však nebyly koncipovány jako prostředek ideologické propagandy. Podobně jako Mrak nebo další krajiny s dramaticky temnými horizonty z třicátých let představovaly naléhavou osobní výpověď, nikoli ilustraci apriorní teze. Čapek sice neuznával tradiční hranice mezi „vysokým“ a „nízkým“ uměním, ale respektoval hranice žánrů a ctil jejich pravidla. Mohl kreslit protifašistické i protikomunistické karikatury, ale nemaloval politické plakáty. Přísně rozlišoval „skutečné umění“, vycházející ze „základů umělcovy bytosti“, od pouhé „kulturní industrie“, sloužící momentální poptávce. „Služebnost umění, jak je dnes reklamována a patrna ve fašismu, v komunismu, ba nakonec požadována i pro vhodný užitek demokracií, nedokazuje nic více, než že umění, ochotné ke služebnosti, by se dalo zeslužebniti vlastně ve všech, ať už jakýchkoliv režimech. Jestli jaký zisk, tedy získávají tu spíše ty režimy než samo umění,“ konstatoval v zápiscích knížky Psáno do mraků.

Těch sedmdesát pláten a několik set kreseb, které vznikly od podzimu 1938 do začátku léta 1939 a monotónně jako hlas zvonu nebo litanie opakují stejný motivický akord, nebylo určeno k agitaci, ani pro výstavu nebo na prodej. Znamenají něco mezi zaklínáním a modlitbou. Jejich gesta diktovala bezmoc a zoufalství, a nikoli politický kalkul. Představují Čapkův osobní, vědomě beznadějný pokus „zaúčinkovati netechnickým způsobem na stav věcí“, vycházející z příkladu umění přírodních národů, v němž se spojuje tvorba s magií.

Čapkova „vypjatá naděje“ však zůstala nenaplněna a poslední úsek jeho života i tvorby je temný a smutný. Malíři po celý život zaujatému bohatstvím rozmanitých podob „krásného, velikého dramatu člověčenství“ bylo souzeno poznat nakonec i nejnižší, krutě zdeformované dimenze lidství. Hned 1. září 1939, v den vyhlášení druhé světové války, byl zatčen gestapem a prošel několika koncentračními tábory. Asi dva týdny strávil v Dachau, koncem září 1939 byl deportován do Buchenwaldu, v červnu 1942 do Sachsenhausenu. V únoru 1945 se pak dostává do koncentračního tábora Bergen-Belsen a tam se jeho stopy ztrácejí.

Víc než skromné doklady Čapkovy tvorby z posledních let, které zachránili jeho spoluvězňové, podávají smutné svědectví o Čapkově zoufalé bídě, ale ne beznaději. „Mlčenlivý Josef, svým vnitřním životem tak citlivý ke všem zvrhlostem lidí, nespravedlnosti a potupě, snášel vše nadlidsky trpělivě,“ dosvědčuje Emil Filla, někdejší rival a protivník, s nímž se shodou smutných okolností po letech setkává za ostnatým plotem Buchenwaldu.

Z prvních tří let vězení se zachovaly Čapkovy rukopisné překlady sedmi básní a několik drobných náčrtků, úsporně kreslených po obou stranách tenkých, průsvitných lístků papíru, na nichž se opakují alegorické postavy se zoufalým gestem figur z cyklu Oheň, smutné Piety a zbědované mužské trosky připomínající Jóba.

Na kresbách se Sachsenhausenu se Čapek pokouší se evokovat radosti samozřejmého a nedostupného života a vyvolává v život to, co uvězněným nejvíc chybí: kreslí hrající si děti a děti s matkami, symboly svobody a lásky. Zachovaly se dokonce i dva malé oleje opakující oblíbené oravské motivy, Květinářku a Ženu s chlapcem. Kompozicí a skladbou motivů sice připomínají obrazy šťastnějších let, ale jsou to už jen posmutnělé stíny někdejších vitálních figur a pod iluzí vzpomínky prosakuje bezmoc, bolest a vyčerpání. Takovou magickou silou výtvarné prostředky nevládnou, aby mohly bezútěšnou realitu změnit.

„Tak se rozlétnout tím modrým prostorem, větrem se nést a s oblaky plout…,“ snil Čapek ve svých básních psaných v Sachsenhausenu. Doufal, že se mu podaří přežít a přál si znovu malovat. Pět a půl roku statečně snášel beznadějnou duchovní i fyzickou bídu, v posledních týdnech války však s největší pravděpodobností podlehl tyfové epidemii. Ze 4. dubna 1945 máme poslední věrohodné svědectví, že ještě žil. 15. dubna byl Bergen-Belsen osvobozen britskými jednotkami, ale teprve 25. dubna byla dokončena evidence přejatých vězňů. Mezi těmito daty Josef Čapek s největší pravděpodobností podlehl tyfové epidemii, která v táboře řádila. V německých dokumentech sice není jeho úmrtí zaznamenáno, ale v britských seznamech Čapkovo jméno chybí.